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北京大学深圳医院原名“深圳市中心医院”，于1999年底建成开业，是深圳市政府投资建成的现代化综合性医院。
2001年9月，深圳市政府与北京大学、香港科技大学合作，
医院更名为“北京大学深圳医院”和“北京大学深圳临床医学院”，纳入北京大学附属医院管理体系。
北京大学深圳医院开设52个临床医技科室，其中1个国家级合作重点学科、8个省级临床重点医学专科、1个省级重点实验室、8个市级重点学科及实验室。北京大学深圳医院有在岗员工2112人，其中拥有副主任医师以上职称的高级技术人才681名，硕士以上学位人员535名，有海外留学经历人员112名。
